Европейский университет в Санкт-Петербурге возглавил рейтинг эффективности Минобрнауки сразу по двум критериям — «Научно-исследовательская деятельность» и «Финансово-экономическая деятельность». В декабре 2016 года вуз лишили лицензии после жалобы депутата Виталия Милонова.
Министерство образования и науки провело ежегодное исследование эффективности учебных заведений по 70 общим и семи главным критериям.
В 2017 году Европейский университет обошёл Московский государственный технологический университет «Станкин» по показателю научно-исследовательской деятельности и стал лидером по показателю финансово-экономической деятельности, уступив Высшей школе экономики по средней зарплате преподавателей.
Кроме того вуз занял первое место по объему доходов от исследовательской деятельности в расчёте на одного педагога и вошёл в список лидеров по по количеству цитируемых публикаций.
В декабре 2016 года Европейский университет лишили лицензии после жалобы депутата Виталия Милонова, который, по его сведениям, нашёл в учебном заведении ряд нарушений. В своём обращении в Генпрокуратуру политик обратил внимание на то, что в вузе отсутствует медпункт, стипендии студентам выплачиваются в иностранной валюте и в конвертах, а в здании проходит незаконная перепланировка.
Через неделю после того, как Рособрнадзор приостановил действие лицензии, вузу всё-таки разрешили проводить занятия до того момента, пока суд не примет окончательное решение. Правительство Петербурга подало в суд на Европейский университет из-за нарушений при содержании здания, в котором находится учебное заведение.
В феврале 2017 года Арбитражный суд Москвы рассмотрит аппеляцию руководства вуза по поводу незаконного решения о лишении лицензии.